De Stichting Museummolen werd in 1969 opgericht met het doel de middelste van de drie poldermolens bij Schermerhorn als museum te exploiteren. De afgelopen 45 jaar kwamen er meer dan anderhalf miljoen bezoekers.

Bij de start van de Stichting Schermer Molens in 1964 werden door het Waterschap De Schermeer twaalf resterende watermolens aan de Stichting overgedragen. De gemeente Oterleek bracht later ook de korenmolen De Otter in. In het jaar 2000 verwierf de Stichting van de provincie Noord-Holland de drie strijkmolens bij Rustenburg.

De stichting zet zich al meer dan 50 jaar in voor de instandhouding van dit Schermer Molencomplex. De Stichting wordt daarbij gesteund door de Rijksdienst voor het Cultureel Erfgoed (RCE), onderdeel van het ministerie van Cultuur. Die samenwerking leidde in 1990 tot een herstelplan dat beoogde het restant van het Schermer Molencomplex weer tot een functionerend bemalingssysteem te restaureren.

In 2002 stelde de provincie Noord-Holland uit Rijksgelden een bedrag van 1.588.200 euro beschikbaar voor de restauratie van de elf watermolens van het voormalige waterschap de Schermer. De Stichting VSB-fonds werd bereid gevonden om het eigen aandeel van de Stichting in de restauratiekosten tot een bedrag van 680.600 euro voor haar rekening te nemen. In het jaar 2008 werd dit grootste restauratieproject uit de geschiedenis tot een goed einde gebracht. Alle elf molens zijn weer draai- en maalvaardig.

Het bestuur en de Raad van Toezicht
De Schermer Molens Stichting heeft een bestuur en een Raad van Toezicht.
Het bestuur bestaat uit:  Noor Ney (voorzitter), Sebastiaan Talsma (penningmeester), Agnes de Boer (secretaris), Ruud van Lier (marketing en PR), Joop Krul (museummolen en bewonerszaken) en Nadia Kreuger (educatie).

De Raad van Toezicht bestaat uit Aldert Pilkes (voorzitter), Kim Hollenberg (juridisch adviseur) en Simon Ruiter